Merkezin amacı; Üniversitenin ilgili bölüm ve anabilim dallarının işbirliği ile yurt içinde ve yurt dışında sualtı ile ilgili her alanda bilimsel araştırma ve incelemeler yapmak, araştırma sonuçlarının değerlendirilmesini sağlamak ve sualtı çalışmaları ile ilgili her konuda duyarlı, bilgili ve yeterli kadroların yetiştirilmesine yönelik eğitim faaliyetlerinde bulunmaktır.
Merkezin faaliyet alanları şunlardır:
- Denizler ve içsularda (göl, gölet, akarsular) her türlü araştırma ve benzer konularda kurum ve kuruluşlarla işbirliği yapmak,
- Denizler ve içsularda gerçekleştirilecek canlı-cansız su kaynaklarının kullanımı, iyileştirilmesi, kirlilik sorunlarına yönelik araştırma ve uygulamalar yapmak, organize etmek ve öneriler getirmek,
- Denizler ve içsularla ilgili her türlü biyolojik araştırmaları yapmak, yaşayan organizmaların envanterlerini çıkarmak ve kullanmak, ekonomik içerikli ürünleri iyileştirmek ve zenginleştirmek, yetiştiricilik ile ilgili konularda araştırma ve uygulamalar yapmak,
- ç) Denizler ve içsularda her türlü jeolojik, sedimantolojik araştırmalar planlamak, bu konularda çalışan kurum ve kuruluşlarla çalışma yapmak,
- Denizler ve içsularda fiziksel ve kimyasal oşinografik araştırmalar planlamak, bu konularda çalışan kurum ve kuruluşlarla işbirliği yapmak,
- Denizler ve içsularda her türlü arkeolojik araştırma ile sualtında bulunan kültür varlıklarının bilime ve insanlığa kazandırılması konusunda aktif görev alarak bu konuda çalışan kurum ve kuruluşlara öncülük etmek,
- Sualtı milli park ve koruma alanlarının tespitinde görev almak, bu konuda çalışan kurum ve kuruluşlara gerekli desteği sağlamak,
- Denizler ve içsularda kullanım, yönetim ve diğer sorunlara yönelik araştırmalar yapmak ve öneriler getirmek,
- Merkezin amaçlarına uygun uygulama ve araştırmalarda gerekli olabilecek dalışlar için her an bir balıkadam ekibini göreve hazır tutmak,
- Merkezin amaçlarına uygun konularda, yurtiçi ve yurtdışındaki diğer kurum ve kuruluşlar ile işbirliği yapmak,
- Üniversite çalışanlarına, öğrencilerine ve halka sualtını tanıtıcı konferans, seminer, panel vb. organize etmek, sualtı can kurtarma ve balıkadamlık kursları açarak başarılı olanlara belge vermek.